Zajimavá fakta o SARS-CoV-2

V tomto článku budu citovat z druhého dokumentu, staženého ze stránky zde , popis dokumentu: "Doba infekčnosti jedinců infikovaných virem SARS-CoV-2 v širším kontextu - NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění CEM SZÚ".

Vysvětlení zkratek a názvů

(podle toho jak jsem je dohledal na netu):

HCD - horní dýchací cesty

DCD - dolní dýchací cesty

mRNA - messenger RNA

vRNA - nenalezl jsem význam

NRL - Národní referenční laboratoř

WGS - celogenomová sekvenace

BSL - standard biologické bezpečnosti pro laboratoře, kde se testuje přítomnost virů jako v případě SARS-CoV-2

ct - označuje počet cyklů. Podle mého laického chápání by to měl být počet cyklů, které je třeba provést, aby se vir nebo jeho části replikovali.

viabilita - schopnosti laboratoře izolovat virus v buněčné kultuře; schopnost viru replikovat se v kultivovaných buňkách.

transmisivita - chápu pod tím slovem hodnotu, která vyjadřuje míru schopnosti viru přenášet se (zřejmě to je spojena se schopností se rozmnožit; můj laický - neodborný pohled!).

Z níže uvedené citace, jsem si dovolil odstranit odkazy/zdroje, aby text byl více přehlednější... 

Cituji:

V prvé řadě je nutné se zamyslet nad termínem virová nálož ve vztahu k SARS-CoV-2 a přiznat si fakt, že nelze exaktně stanovit míru virové nálože vyjádřenou počtem virových partikulí na objemovou jednotku: hladinu virové nálože:

1. Vstupní klinický materiál je nekvantifikovatelný, ať se jedná o stěry z horních cest dýchacích (HCD), sliny nebo materiály z dolních cest dýchacích (DCD), například endotracheální stěr, endotracheální aspirát, bronchoalveolární laváž (BAL). Jediným kvantifikovatelným materiálem je krev případně moč.
2. Při průkazu RNA SARS-CoV-2 neumíme odlišit genomovou RNA od subgenomových RNA (virových mRNA), které jsou součástí proteosyntetického aparátu. Je zřejmé, že množství subgenomových RNA je výrazně vyšší u strukturálních proteinů oproti nestrukturálním a může záviset na virovém cyklu a fázi onemocnění. V PCR reakci tedy stanovujeme pouze počet kopií daného cílového úseku celkového poolu virové RNA. LAMP testy a nested PCR nelze použít k vyjádření kvantity.

Medián inkubační doby činí 4 až 5 dnů, s mezikvartilovým rozsahem 2 až 7 dnů, přičemž u 98 % osob dochází k rozvoji klinických symptomů během 12 dnů. Virová RNA je detekovatelná již 2 až 3 dny před nástupem klinických symptomů, maximální je první den příznaků a po 7 - 8 dnech dochází u většiny pacientů k poklesu. Schopnost asymptomatických a presymptomatických osob šířit virus je dokumentována poměrně důkladně. Dle dostupných informací je dynamika šíření (přenosu) viru podobná jako u chřipky, která je také nejsdílnější před nástupem onemocnění a s prvními dny onemocnění.

Doba přetrvávání PCR pozitivity

Pozitivita může přetrvávat týdny až měsíce, a v rámci této doby může kolísat mezi polohami negativní/pozitivní, a to i v jedné laboratoři (NRL nález), stejně tak je možné prokázat PCR pozitivitu i půl roku od odeznění onemocnění (1x NRL nález). Obecně se lze domnívat, že osoby, které prodělaly závažnější formu onemocnění, mají tendenci k dlouhodobější PCR pozitivitě, ale neplatí to vždy, stejně tak může docházet k dlouhodobé PCR pozitivitě i u pacientů s mírným až asymptomatickým průběhem (NRL nálezy). Zdá se, že PCR pozitivita přetrvává déle v DCD v porovnání s HCD, stejně tak je delší ve vzorcích stolice. Navíc, i po dvou negativních testech, lze po čase opět prokázat pozitivitu, aniž by došlo k opětovnému nástupu příznaků (1x NRL nález).

Stanovení infekčnosti pacienta na základě stanovení viability, tedy schopnosti laboratoře izolovat virus v buněčné kultuře

Přes ojedinělé nálezy celovirionových partikulí v elektronmikroskopickém vyšetření u některých přetrvávajících PCR pozitivit (NRL nález) je zjištěno, že fragmenty subgenomových vRNA jsou asociovaé s vnitrobuněčnými vesikulami které tyto vRNA dále chrání před degradací. Toto lze doložit zjištěním NRL, že ani u pacientů s přetrvávající pozitivitou s Ct hodnotami, které u vzorků odebraných v rané fázi infekce umožňují celogenomovou sekvenaci (WGS), nebylo možno připravit dostatečně kvalitní DNA umožňující WGS. Schopnost SARS-CoV-2 replikovat se v kultivovaných buňkách (test viability) je zdánlivě vhodným modelem infekčnosti. Ve studii na křečcích korelovala transmisivita SARS-CoV-2 s detekcí infekčního viru kultivací, ale nikoli pouze s pozitivitou RT-PCR.

Test viability však nelze dát do jednoznačné souvislosti s transmisibilitou (infekčností), ani v případě, že virus nelze vyizolovat nelze transmisibilitu vyloučit. U nízkých koncentrací viru je poměrně obvyklé, že se jej nedaří vyizolovat (vykultivovat). Rostoucí množství důkazů však naznačuje, že doba od nástupu příznaku a hodnoty Ct lze dát do přímé souvislosti s infekčností. Stojí za zmínku, že izolace SARS-CoV-2, ani dalších respiračních virů, se v běžné praxi nepoužívá, u SARS-CoV-2 navíc s nutností provádění v laboratořích BSL3, tedy za splnění standardů biologické bezpečnosti.

Konec citace z "Centrum epidemiologie a mikrobiologie". Předpokládám, že autor druhého dokumentu je totožný s prvním (CEM SZÚ).

Předchozí článek (první dokument z odkazu výše):

Doba infekčnosti jedinců infikovaných virem SARS-CoV-2

Související

Covid-19 má potenciál inkubační doby větší než 14 dnů, tvrdí vědci.